Program Studi Magister Manajemen Pendidikan berdiri dengan Surat Ijin dari dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 202/DIKTI/Kep/1994 tentang Pemberian Ijin Pendidirian Program Studi Magister dan Program Doktor pada tanggal 28 Juli 1994. 

Saat awal berdiri, berada di bawah naungan Program Pascasarjana IKIP Malang, sesuai SK Mendikbud No. 0146/O/1983 tertanggal 5 Maret 1983, yang kemudian berubah menjadi Fakultas Pascasarjana, dan kemudian berubah lagi menjadi Pascasarjana UM. Seiring dengan kebijakan tata Kelola integrasi program studi monodisiplin di masing-masing fakultas, kini Prodi Magister Manajemen Pendidikan berada dalam naungan Departemen Administrasi Pendidikan (AP) FIP UM. 

Program Studi Magister Manajemen Pendidikan mempunyai status akreditasi dari BAN PT peringkat A berdasarkan Surat Keputusan nomor 618/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/M/II/2021.

Adapun Ketua Program Studi Magister Manajemen Pendidikan secara berturut-turut sejak berdiri sampai dengan sekarang adalah: Prof. Drs. J.F Tahalele, MA., Dr. Frans Mataheru, Ed.D., Prof. Dr. Willem Mantja., M.Pd, Prof. Dr. Hendyat Soetopo, M.Pd., Prof. Dr. Ibrahim Bafadal, M.Pd., Prof. Dr. Bambang Budi Wiyono, M.Pd., Prof. Dr. Imron Arifin, M.Pd., Prof. Dr. Ali Imron, M.Pd, M.Si., dan Prof. Dr. Bambang Budi Wiyono, M.Pd.